open は with で行うべき

[keisuke-yanagisawa]

docking_automation/count.py

Line 5 in a4a0a63

input_file_0=open(sys.argv[1],'r')

ここの input_file_0 が close() されていないようです。
この手の close し忘れは良く発生するので、Pythonの機能として with というのが準備されています。

with open(sys.argv[1], 'r') as input_file_0:
  lines = ...
  ...
n_cmpds_per_job=...

このようにすると、withの外に出た時に自動的に input_file_0.close() が行われます。他の場所も同様にこの修正を適用しておいてください。